中草藥的種類很多，根據(jù)近年的初步統(tǒng)計(jì)，總數(shù)約在八千種左右，常用中草藥亦有700種左右。如此繁多的種類必須按照一定的系統(tǒng)，分門別類，才便于學(xué)習(xí)、研究和應(yīng)用。
藥物分類的方法是根據(jù)人們對(duì)于藥物認(rèn)識(shí)的逐漸深化而不斷發(fā)展的。例如中國(guó)最早的藥書——《神農(nóng)本草經(jīng)》把當(dāng)時(shí)常用的365種藥物按照毒性強(qiáng)弱和用藥目的不同分成上、中、下三品：上品是延年益壽藥，無毒，多服久服不傷人，中品是防病補(bǔ)虛藥，有毒無毒，根據(jù)用量用法而定；下品是治病愈疾的藥物，多有毒性，不可久服。這種分類方法簡(jiǎn)單而粗糙，其中有些藥物的分類也不一定恰當(dāng)。但當(dāng)時(shí)，可能在避免因用錯(cuò)藥物而中毒的問題上是起到了一定作用的。
梁代陶弘景編《本草經(jīng)集注》時(shí)，增藥365種，分為玉石、草、木、果菜、米食、有名未用六類，每類又各分上、中、下三品，這是根據(jù)藥物自然屬性進(jìn)行分類的開端，但仍較粗糙。直到明代李時(shí)珍編《本草綱目》一書，分類方法始有重大的發(fā)展。他采用了根據(jù)以前本草的分類方法略加修改，把藥物分為水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、蟲、鱗、介、禽、獸、人等十六部外，又把各部的藥物按照其生態(tài)及性質(zhì)分為六十類。例如草部分為山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、雜草等。而且他還往往把親緣相近或相同科屬的植物排列在一起，例如草部之四、隰草類中的53種藥物中，有21種屬于菊科，而且其中10種是連排在一起的。這種分類方法有助于藥材原植物（或動(dòng)物）的辨認(rèn)與采收，對(duì)于澄清當(dāng)時(shí)許多藥材的混亂情況起了很大作用。
現(xiàn)代記載中草藥的教科書所采用的分類方法，根據(jù)其目的與重點(diǎn)而有不同，主要有下列四種：
1．按藥物功能分類——如解毒藥、清熱藥、理氣藥、活血化瘀藥等。
2．按藥用部分分類——如根類、葉類、花類、皮類等。
3．按有效成分分類——如含生物堿的中草藥、含揮發(fā)油的中草藥、含甙類的中草藥等。
4．按自然屬性和親緣關(guān)系分類——先把中草藥分為植物藥、動(dòng)物藥和礦物藥。動(dòng)植物藥材再根據(jù)其原植物原動(dòng)物的親緣關(guān)系來分類和排列次序。如麻黃科、木蘭科、毛莨科等等。
上述各種分類方法各有優(yōu)缺點(diǎn)，究竟以采用哪一種分類方法比較適宜，主要取決于我們的目的和要求。
例如按藥物功能分類，有利于學(xué)習(xí)和研究中草藥的作用和用途；
按藥用部分分類便于學(xué)習(xí)和比較各類藥材的外部形態(tài)和內(nèi)部構(gòu)造，因而有利于藥材的性狀鑒定和顯微鑒定；
按有效成分分類有利于學(xué)習(xí)和研究中草藥的有效成分及其化學(xué)鑒定。
采用按藥材自然屬性和親緣關(guān)系分類的方法，這是由于同科屬的中草藥在外部形態(tài)，內(nèi)部構(gòu)造、化學(xué)成分和醫(yī)療應(yīng)用等方面往往有很多相似之處。采用這種分類方法不但便于學(xué)習(xí)和研究這些共同點(diǎn)，也便于比較它們的特異點(diǎn)，以揭示其規(guī)律性，這樣，既有利于中草藥的鑒定也有利于從同科屬動(dòng)植物中尋找含有相同或類似成分的動(dòng)植物，以擴(kuò)大藥物資源。
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